Die Geschäftsstelle unterstützt die Arbeit der Wissenschaftlichen Kommission Niedersachsen, der Lenkungsgruppe und der erweiterten Expertengremien der WKN organisatorisch und inhaltlich. Sie ist damit in den Bereichen Qualitätsbewertung, Konzeptentwicklung sowie Mediation und Transfer tätig. Die Geschäftsstelle wird vom Generalsekretär der Wissenschaftlichen Kommission Niedersachsen, Dr. Mathias Pätzold, geleitet und beschäftigt zur Zeit sieben Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter.